一撮许残贼不能克，则诸山海逃伏之盗，必将乘势再起，将来广事，不可便谓无虞。大抵南贼，譬之蔓草，铲尽还生。从古以来经略南方者，皆未能以一举而收荡平之功，其势然也。今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背。诸文武将吏有不用命者，宜照敕书，悉以军法从事，斩首以徇。了此，则诸不逞之人，皆破胆而不敢旁睨矣。不惜一朝之费，而贻永世之安，惟公留意焉。（书牍五《与殷石汀经略广贼》）
统治者下了镇压的决心，正茂当然出力，万历元年四月，潮州一带的军事成功了，只有林风和部下出海，在福建、广东的海岸线活动，最后完成他在海外发展的使命。
在广西方面，当殷正茂由广西巡抚调任两广总督的时候，继任的是郭应聘。这时府江瑶也起了一次大动乱。府江是从桂林到苍梧的桂江，在阳朔到昭平三、四百里这一段，两岸都是瑶山。瑶人进攻永安州、荔浦县，掳去知州杨惟、都指挥胡潮。桂江交通中断，各县城门，白天都不敢开，形势严重极了。居正一面吩咐应聘调集大军，一面说；
两江寇盗，（广西有左江道右江道，故云两江）为患久矣，异时居官者，皆畏首事，莫敢发，故其患滋甚。今乘古田之余威，（今广西古化县。隆庆四年殷正茂、郭应聘平古田）用足下之妙算，歼此狐鼠，谅不为难。但炎荒瘴病之地，屯数万之众，役不宜淹久，贵在临机速断，沈谋遄发，先并力以破其一巢，则余贼自然破胆，次第可平。若以三万之饷，与之相持于钦、岑之间，使贼跧伏溪洞，以逸待劳，非计之得者也。兵机不敢遥制，特献其瞽见如此，惟高明采择焉。（书牍四《答两广郭华溪计剿广寇》）
应聘正在调集大军六万，进讨府江瑶的当中，怀远（今三江县）的瑶人又起义了，杀知县马希武，情势也很吃紧。这时已经是隆庆六年的秋后，居正当国，更有决定的全权。他和应聘商定，先定府江瑶，一面招抚怀远，等到府江平定以后，随即进兵。冬天以后，府江已经安定，但是万历元年正月进兵怀远，又因为雨雪底关系，发生停顿。居正说：
怀远之兵，既未得天时地利之便，暂宜解归，以俟大举。若有他巧可取之，尤妙矣。此事若非县令苛急，亦未遽叛。事之未形，一夫制之有余，祸端已构，数万人取之不克，至兵连祸结，师老财费，使朝廷廑南顾之忧，疆場有不讨之贼，彼激乱启衅者，死何足恤哉！以是知天下之事，推知几识微者，可与图成，而轻躁锋锐者，适足以偾事阶乱而已。（书牍五《答巡抚郭华溪》）
但是战事已经决定，没有徘徊的余地。应聘调兵十万，积极进行，居正只是说：“不谓其怙恶不悛，敢行称乱如此，则天讨所必加，虽费财动众，亦难中止矣。一切剿处事宜，公所画俱当，惟公自裁便宜行之，不敢中制。”（书牍五《答郭华溪》）就在这一年，怀远兵事结束，广西平定。居正主张彻底荡平。他说：“兵己深入，须尽歼之，毋使易种于斯土，又烦再举也。”（同卷《答广西抚院郭华溪》）
万历元年，四川方面发生平定都掌的军事。都掌“蛮”盘据叙州府高、珙、筠连、长宁、江安、纳溪六县地方。“蛮”首据九丝山、鸡冠岭、都都寨、凌霄峰、四出掳掠，成为四川心腹之患。四川巡抚曾省吾决心进兵，居正也认为“都掌为害多年，不容不除”。（书牍五《与蜀抚曾确庵计剿都蛮之始》）省吾调兵十四万，奏留总兵刘显统兵出发。刘显在福建平倭，和俞大猷、戚继光齐名，但武官底积习太深了，贪赃行贿，不守法纪，一切的事都有，这时正被劾罢。居正和省吾说：“若其人果可用，不妨特疏留之，立功赎罪；如不可用，则当别授能者。公宜以此意明示刘显，俾鼓舞奋励；如玩寇无功，必将前罪并论诛之，不敢庇也。地方大事，唯公熟计之。”（同上）三月中，刘显准备完成，一举击破凌霄峰；居正再寄书省吾，督促追击：
凌霄既破，我师据险，此天亡小丑之时也。宜乘破竹之势，早收荡定之功。计蛮众不过数千，我师当数倍之，无不克者。攻险之道，必以奇胜，今可征兵积饷，为坐困之形，而募死士，从间道以捣其虚。……若不奋死出奇，欲以岁月取胜，此自困之计。兵闻拙速，未睹巧之久也。惟公熟计之。刘帅功名，著于西蜀，取功赎过，保全威名，在此一举。其一切攻围之计，宜听其自为便利，勿中制之，唯与之措处军前赏功募士之费。计军中一月当费几何，与其旷日迟久，不若暂费速罢之为愈也。（书牍五《与蜀抚曾确庵计剿都蛮》）
九月中，刘显平定都掌。捷音到京，居正说起：“十月十四日，闻九丝捷音，不觉屐齿之折。殄此巨寇，不惟蜀民安枕，且国家神气，借此一振，四方有逆志感纪之人，亦将破胆而不敢恣睢矣。”（同卷《答蜀抚曾确庵》）这里看出他心中的喜悦。
居正对于国事的计划，是在稳定中求进展。他整顿赋税，节省支出，为国家安定经济的基础。对于北边的国防，他是一面分化鞑靼，一面整理军实。对于南方的动乱，他用最大的努力加以镇压，劳师费财，一点都不顾惜。这些动乱的原因，他明明知道是由于政治的不良，因此他底责任应当是努力改进当时的政治情况，但是他底措施，止是对于起义农民和少数民族的无情镇压。居正是封建社会的统治者，这里完全暴露了封建统治者的凶狠面貌。
第九章初步的建设（下）
万历元年，居正进《帝鉴图说》，第二年就发生效力。神宗这时才十二岁，他和吏部尚书张瀚，都察院左都御史葛守礼说，要召见廉能官员，面加奖谕。居正随即请定面奖廉能仪注，他在疏中说：“臣等窃惟致理之道，莫急于安民生；安民之要，惟在于核吏治。前代令主，欲兴道致治，未有不加意于此者。”（奏疏三《请定面奖廉能仪注疏》）二年正月，神宗在会极门，召见廉能官员浙江布政使谢鹏举等二十五人，特加奖励，各赐金币，便是这一次的结果。
九月间，刑部秋审，判定重囚应处死刑的，一概上奏。这是一件例行的公事，但是困难从宫内发生了。
“慈圣太后底销旨，吩咐概行停刑，”神宗在文华殿和居正说，“先生以为怎样？”
“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说：
“我死后，国家大政是你底事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听于子的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（文集十一《杂著》）他又说过：
“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说：
张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。（书牍十一《答河漕姜按院》）
居正底主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法底规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额，”（《明史》卷二二〇《赵世卿传》）又称“居正法严，决囚不如额者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆传》）都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人惟恐太轻了，要受到政府底处分，艾穆慷慨地说：
“我可不会拿别人底生命保障自己底地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕：
敕谕元辅张少师：朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。