在国家岁出岁人，都在三百万上下的时候，这不能不算一个不小的数字。居正认定这是徐栻“故设难词，欲以阻坏成事”，这时刘应节已改戎政尚书，二月间，再着应节暂解营务，赴山东会同徐栻开河。事情似乎有了办法，但是应节到了山东以后，和徐栻发生重大的异议。同样一条胶莱新河，应节主张通海，徐栻主张引泉，关于水源方面，有了绝对不同的主张。但是在分水岭方面，势必动工开凿，这是应节和徐栻都不能不应付的问题。山东巡按御史商为正奉命挑验。据他底结论，“虽二百余万金，不足以了此”，经费方面，困难极大。应节主张通海，但是海水一来，海沙连带也来，因此应节主张建闸障沙。山东巡抚李世达认为海沙和海水同来；他说，“窃以谓闸闭则潮安从入，闸启则又安从障也。”全河长二百七十里，据应节所计，海潮自南口入，凡五十里；自北口入，凡一百八十里：这是说在二百七十里之中，可以通潮的二百三十里。但是据世达所计，除大风迅烈，海潮狂涌的时候以外，南潮所及，距海口二十里，北潮所及，距海口六十里，和应节底估计，便有很大的距离。当然，在海潮不及的地方，可以引泉，但是世达论及泉水，以为“十月以后，日渐消耗，至春月泉脉微细，适值粮运涌到之时，虽置柜设闸，以时启闭，终不能使之源源而来，滔滔不竭也。”海潮不能来，泉水不敷用，水源发生问题，那么二百余万金，还不是等于白费？
但是还有一个根本的问题。胶莱新河原是为着海运提出的动议，本来的计划是漕船由淮入海，再取道胶莱新河入渤海湾。所以必须淮安以下的运河没有问题，才谈到这个计划底实现。但是万历三四年间，运河沿岸高邮、宝应一带，正是问题底中心。商为正说：“况海运必出自淮安海口，高、宝其所必经，高、宝不治，此河虽通，亦不能越而飞渡。”李世达说：“今当缉高、宝之堤，无徒殚财力于不可必成之胶河也。”他们也许有一些成见，但是他们底逻辑，不容人不重加考虑。居正没有办法，只有交工部集议。工部尚书郭朝宾复称“事体委多窒碍，相应停罢以省劳费。”万历四年六月，罢胶莱新河，这是居正在法运方面第二次的失败。以后他底注意，便集中到运河和黄河。
居正底两次失败，本来不是意外。他自己没有治河的经验，而且平生没有经过这一带，他凭什么可以构成正确的判断呢？他有坚强的意志，他能充分地运用政治的力量，但是在他没有找到得力的干才以前，意志和力量只能加强他底失败，所以在无法进行的时候，他便毅然地承认失败，这正是他底干练。最可惜的，万历二年工部尚书朱衡致仕，失去一个有经验、有魄力的大臣，假如居正能够和他和衷共济，也许可以减少一部分的失败。万历三年，工科给事中徐贞明上水利议，认定河北、山东一带都可兴水利，供军实。但是在交给工部尚书郭朝宾查复以后，朝宾只说“水田劳民，请俟异日”，打销了一个最有价值的提议。假如居正能够给贞明一些应得的注意，再推动政治力量，作为他底后盾，也许可以根本解决北方底粮食问题。
第十章第一次打击以后
万历三年辽东大捷，辽东巡抚张学颜还没有奏报的时候，巡按御史刘台底捷奏先到北京。从程序上说，这是一种手续的错误。然而不仅是错误，这是越权。巡按既可越权，巡抚便可卸责，对于封疆大事，当然发生不良的影响。从“综核名实”底立场看来，这是一个不能容许的错误。因此居正拟旨严加申斥。居正记得就在这一年，三边总督石茂华，曾因御史督战太急，鲁莽进兵，以致受到不小的挫败。自己还曾去信诰诫过；“今之时政，与先年异。公受分陕之寄，凡事当守便宜，谋定而后发，亦不必汲汲求解于群议也。”（书牍七《答陕西督抚石毅庵》）居正认定边疆督、抚，不应受御史底牵掣。
刘台也有刘台底看法。辽东巡按御史固然是御史，但是张学颜是右副都御史、巡抚辽东地方，也是御史。明代官制的演变，形成监察权高于一切的状态。地方长官文的有布政使司左布政，右布政；武的有都指挥使司都指挥使，以及镇守冲要的总兵官：这是最初的官制，但是后来添了巡按以及巡抚和总督。巡按、督、抚虽然各有疆域，但是他们只是都察院的官，不是地方官。他们底官阶不一定高，但是地方官不能不受他们底节制，这是监察底权威。刘台看到同是代表监察权的中央官，为什么一个可以调度军队，一个连报捷都不可呢？所以他底捷奏还是发出去。
但是在法制上，巡按和巡抚究竟不同。英宗正统四年巡按御史出巡事宜有这样的规定，“总兵、镇守官受朝廷委任以防奸御侮，凡调度军马，区划边务，风宪官皆无得干预。”所以巡按不得过问军事，曾有明文的规定。辽东巡抚底全衔是“巡抚辽东地方，赞理军务”，因此调度军队，正是巡抚底职权。一切都有法制的依据。明代巡抚和巡按底职权最容易混淆，居正对于这一点，时时感觉到有纠正的必要。万历九年他说过：
窃谓抚、按职掌不同，政体亦异。振举纲维，察举奸弊，摘发幽隐，绳纠贪残，如疾风迅雷，一过而不留者，巡按之职也。措处钱粮，调停赋役，整伤武备，抚安军民，如高山大河，奠润一方而无壅者，巡抚之职也。近来抚、按诸君，不思各举其职，每致混杂，下司观望，不知所守，以故实惠不流。至于直指使者，往往舍其本职，而侵越巡抚之事，违道以干誉，徇情以养交，此大谬也。（书牍十三《答苏松巡按曾公士楚言抚按职掌不同》）
居正认为封疆大吏，不应受到牵掣，在法制有成规，在事理有根据，不能不认为正确。假如我们想到万历四十七年，杨镐经略辽东，因为受到兵科给事中赵兴邦红旗督战的迫蹙，以致仓皇进兵，造成辽东空前大败的事实，我们更不能不承认居正底主张。
刘台经过这一次严旨申斥，充满怨愤，就在万历四年正月上疏弹劾居正。这是居正当国以来所受的第一次打击，也是他平生所受的最大的打击。原疏如次：
臣闻进言者皆望陛下以尧、舜，而不闻责辅臣以皋、夔。何者？陛下有纳谏之明，而辅臣无容言之量也。高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部、院，势不相摄而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务，其时官阶未峻，无专肆之萌。二百年来，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。谏官因事论及，必曰，“吾守祖宗法！”臣请即以祖宗法正之。
祖宗朝，非开国元勋，生不公，死不王。成国公朱希忠，生非有奇功也，居正违祖训，赠以王爵。给事中陈吾德一言而外迁，郎中陈有年一争而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，缘例陈乞，将无底极。租宗之法若是乎？
祖宗朝，用内阁、冢宰，必由廷推。今居正私荐用张四维、张瀚。四维在翰林，被论者数矣，其始去也，不任教习庶吉士也。四维之为人也，居正知之熟矣，知之而顾用之，夫亦以四维善机权，多凭借，自念亲老，旦暮不测，二、三年间谋起复，任四维其身后托乎！瀚生平无善状，巡抚陕西，赃贿狼藉，及骤列铨衡，唯诺若簿吏，官缺必请命。所援引者非楚人亲戚知识，则亲戚所援引也，非宦楚受恩私，则恩故之党助也。瀚惟日取四方小吏，权其贿赂，而其他则徒拥虚名。闻居正贻南京都御史赵锦书，“台谏无议及冢宰”：则居正之胁制在朝言官，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，诏令不便，部臣犹告阁拟之不审。今得一严旨，居正辄曰，“我力调剂，故止是”；得一温旨，居正又曰，“我力请而后得之。”由是畏居正者甚于畏陛下，感居正者甚于感陛下。威福自己，目无朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陈，部、院题复，抚、按奉行，未闻阁臣有举劾也。居正令抚、按考成章奏，每具二册，一送内阁，一送六科：抚按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。阁臣衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居臣创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？
至于按臣回道考察，苟非有大败类者，常不举行，盖不欲重挫抑之。近日御史俞一贯以不听指授，调之南京，由是巡方短气，莫敢展布。所惮独科臣耳，居正于科臣，既啖之以迁转之速，又恐之以考成之迟，谁肯舍其便利，甘彼齮龁，而尽死言事哉？往年赵参鲁以谏迁，犹曰外任也；余懋学以谏罢，犹曰禁锢也；今傅应祯则谪戍矣，又以应祯故，而及徐贞明、乔岩、李祯矣。摧折言官，仇视正士，祖宗之法如是乎？
至若为固宠计，则献白莲、白燕，致诏旨责让，传笑四方矣；规利田宅，则诬辽王以重罪而夺其府地，今武冈王又得罪矣；为子弟谋举乡试，则许御史舒鳌以京堂，布政施尧臣以巡抚矣，起大第于江陵，费至十万，制拟官禁，遣锦衣官校监治，乡郡之脂膏尽矣；恶黄州生儒议其子弟幸售，则假县令他事，穷治无遗矣；编修李维桢偶谈及其豪富，不旋踵即外斥矣。盖居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙。不然，辅政末几，即富甲全楚，何由致之？宫室、舆马、姬妾、奉御，同于王者，又何由致之？